Selain kelas kereta, ternyata kereta api juga mempunyai sub-kelas kereta api. Sub-kelas adalah zona di dalam gerbong kereta api. Sub-kelas kereta api memang tidak mempunyai fasilitas lebih. Namun, masing-masing sub-kelas kereta api mempunyai harga berbeda.

Eksekutif

Pada kelas eksekutif, sub-kelas kereta terbagi menjadi lima yaitu A, H, I, J dan X dimana sub-kelas A memiliki harga termahal dan sub-kelas X umumnya adalah tarif promo. Sub-kelas A biasanya berada di gerbong tengah sehingga dapat naik dan turun dengan mudah.

Bisnis

Kelas bisnis mempunyai lima sub-kelas kereta yaitu B, K, N, O dan Y. Sub-kelas B memiliki harga tertinggi dan Y merupakan tarif promo. Sama seperti sub-kelas eksekutif, sub-kelas B biasanya berada di gerbong tengah dan dekat dengan gerbong makan.

Ekonomi

Kelas ekonomi juga memiliki lima sub-kelas kereta yaitu C, P, Q, S dan Z. Sub-kelas C memiliki harga tertinggi, sub-kelas S harga terendah dan sub kelas Z adalah tarif promo. Sub-kelas C  pada umumnya berada di gerbong tengah sehingga lebih nyaman karena minim goncangan.