The Royal Secret Agent berkisah tentang sebuah agen rahasia kerajaan yang diutus oleh Raja untuk menyelidiki kebenaran laporan korupsi dan menangkap pejabat korup di luar ibukota.

Sang Raja dikisahkan sebagai pemimpin yang skeptis. Dia tidak mudah mempercayai laporan pejabat yang datang ke mejanya. Buat memastikan kebenaran laporan, Raja mengutus The Royal Secret Agent untuk menyelidiki kasus tersebut. Agen Rahasia Kerajaan ini bertugas menyelidiki kondisi nyata. Agar tidak ketahuan sedang menyelidiki The Royal Secret Agent menyamar sebagai rakyat biasa.

Personel Agen Rahasia Kerajaan biasanya dipilih dari pejabat-pejabat cerdas dan bersih di lingkungan pemerintahan. Sekretaris Kerajaan, Jang Tae Sung (Ahn Nae Sang) adalah pejabat kepercayaan Raja yang bertanggung jawab memilih personel agen rahasia kerajaan.

Tapi setelah hilangnya agen rahasia kerajaan Park Cheol Gyu ( Kim Seung Gu) secara misterius, tidak ada pejabat muda yang berminat menjadi agen rahasia. Mereka khawatir dengan resiko besar pekerjaan ini.

Hal ini tentu saja bikin Sekretaris Kerajaan Jang pusing. Sampai suatu ketika dia mendapati seorang pegawai junior yang bertugas di Hongmungwan (semacam departemen administrasi kerajaan) sedang sesumbar soal kelayakannya menjadi agen rahasia kerajaan.

Si pegawai junior, Sung Yi Gyeom ( Kim Myung Soo) sebenarnya lulusan terbaik dalam ujian penerimaan pegawai negara. Tapi karena permasalahan pribadi, ia kehilangan semangat bekerja. Yi Gyeom ditugasi jadi The Royal Secret Agent. Tugas pertamanya adalah menyelidiki hilangnya agen rahasia Park Cheol Gyu.

Setelah itu The Royal Secret Agent di tugaskan untuk melaksanakan misi rahasia sang raja.

Misi Rahasia Pertama : Misteri Hilangnya Agen Rahasia Park Cheol Gyu Untuk mengungkap hilangnya Park Cheol Gyu, trio agen rahasia harus terlebih dulu mengungkap korupsi yang dilakukan Kepala Polisi, Kang In Chung (Choi Jong Won).

Misi Rahasia Kedua : Buku Besar di Rumah Judi Setelah berhasil menangkap kepala polisi Kang, Song Yi Gyeom yang telah dipromosikan menjadi menteri meminta dikirim ke Jeolla untuk menjalankan misi rahasia.

Misi Ketiga : Candu

Dalam perjalanan ke Provinsi Jeolla, agen rahasia kerajaan mampir ke sebuah kota yang tengah diteror kasus pembunuhan berantai. Korbannya wanita, dan umumnya merupakan pencari herbal. Lagi-lagi, kasus kali ini pun didalangi oleh pejabat dan bangsawan setempat. Melibatkan candu dan perdagangan perempuan.

Misi Keempat : Misteri kematian Pangeran Hwiyeong Pangeran Hwiyeong adalah anggota kerajaan yang dicap sebagai pengkhianat. Menurut klaim pejabat setempat, Pangeran Hwiyeong mati bunuh diri saat akan dibawa ke Hanyang buat diadili.

Nah itu lah gais sebuah sinopsis mengenai serial kisah drakor yang berjudul Royal Secret Agent